根據臨沂商標注冊司法解釋，如果商標使用許可合同未報商標局備案，不影響該許可合同的效力。但當事人另有約定的除外。在確認商標使用許可合同的效力時，不因未辦理備案手續，就確認該使用許可合同無效;但當事人雙方在合同中約定辦理備案手續方能生效的，應當依據約定處理，確認該許可合同無效。

　沒有辦理備案手續的商標使用許可合同，不能對抗善意第三人，所謂善意第三人是指對該為辦案商標樹勇許可合同不之情的人。不能對抗，是指在先訂立的沒有辦理備案的商標使用許可合同的效力，不能抵抗善意第三人與注冊商標人之間就該商標在后所訂立合同的效力。也就是說，善意第三人的合法權益應當依法收到保護。

　比如甲和乙簽訂和臨沂商標注冊使用許可合同，約定由方獨占使用該商標，但是沒有向商標局辦理備案。之后，甲方又和丙方簽訂了普通的商標樹勇許可合同，并向商標局辦理了備案。那么雖然甲方依據合同有權獨占使用商標，但由于其沒有備案，因此，不能依據與乙方簽訂協議要求確認乙方與丙方簽訂的合同無效。